Po mechanickom čistení bazéna od nečistôt prichádza na rad úprava vody. Pred zazimovaním bazéna musí byť voda čistá a musí mať správne hodnoty pH (7-7,4). Ak voda vykazuje náznak zakalenia či je dokonca zelená, treba ju najprv vyčistiť pomocou vhodnej bazénovej chémie, až potom pristúpiť k jej zazimovaniu. Pokiaľ je chemické zloženie vody správne, môžeme znížiť hladinu vody cca 10 cm pod úroveň skimmera či spätných trysiek alebo svetiel. Nadzemné a zapustené bazény neutrpia tým, že v nich aj cez zimu zostane voda, ktorá môže aj trvalejšie zamrznúť. Avšak pokiaľ sa pýšime bazénom betónovým či keramickým, je lepšie vodu vypustiť celkom. Do zostatkovej bazénovej vody pridáme prípravok na zazimovanie vody, ktorý síce nezabráni jej zamŕzaniu ale spomalí čas prechodu ku zamrznutiu hladiny v prípade, že príde k náhlemu poklesu teploty vzduchu pod hranicu mrazu.
Po úspešnom nastavení správnych hodnôt vody je potrebné odvodniť aj všetky rozvody, v ktorých by mohla v zime voda zamrznúť, a tak ich poškodiť. Všetky ventily ostávajú počas zimy otvorené. Tak isto je potrebné odpojiť a uskladniť tepelné čerpadlo, solárny ohrev a všetky odpojiteľné hadice. Pri zapustených bazénoch je potrebné vysušiť vodu z potrubí uložených v zemi a všetky odpojené časti príslušenstva uskladniť na suchom mieste s plusovými teplotami.
Výhodou zastrešených bazénov je, že ani v zime si netreba robiť veľké starosti s jeho čistením. Pri nezastrešených bazénoch sa na zimu používa na zakrytie zimná krycia plachta, ktorá síce prepustí dažďovú vodu alebo vodu z topiaceho sa snehu, ale vďaka husto tkanej sieťovine zabráni prenikaniu rôznych iných nečistôt do bazénovej vody. S takto pripraveným bazénom zimu hravo prečkáme a na jar sa pri jeho opätovnom spustení do prevádzky veľmi nezapotíme.